A partire dal 2007 la Collezione Walter Fontana ha avviato una serie di collaborazioni con musei ed altre istituzioni pubbliche e private per rendere progressivamente la collezione fruibile agli appassionati.
A questo fine la collezione è stata divisa in diversi nuclei di opere, i quali sono stati accolti dalle istituzioni tramite la formula del deposito in comodato a lungo termine ed inseriti nei percorsi delle collezioni permanenti andando ad integrarli e ad arricchirli.
Di seguito sono indicate le principali istituzioni con le quali è stata portati avanti una collaborazione: